How to Install Xcrysden | Como instalar o Xcrysden | Linux Ubuntu

Created: Jan. 1, 2010, 4 a.m.
Update: March 31, 2020, 11:29 p.m.
Steps to Install | Passos básico de como instalar

Os comandos a seguir deve ser executado como ROOT!
$ = shell command line

- Update May 23 2018 - 9h44m
- Ambience

Ubuntu 16.04 Desktop 64 BITS - www.ubuntu.com
Xcrysden 1.6.22 - http://www.xcrysden.org
Crystal14 - Crystal and Properties
- crystal14 Path
/usr/local/bin/crystal14/crystal
/usr/local/bin/crystal14/properties

- As ROOT or use SUDO!

Update and install packages

$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get upgrade
$ sudo apt-get install build-essential gfortran freeglut3-dev tcl8.5-dev tk8.5-dev imagemagick mplayer openbabel

Download and install Xcrysden

$ cd /opt
$ wget -c http://www.xcrysden.org/download/xcrysden-1.5.60-linux_x86_64-semishared.tar.gz
$ tar zxfv xcrysden-1.5.60-linux_x86_64-semishared.tar.gz 
$ ln -s xcrysden-1.5.60-bin-semishared/ xcrysden
$ chown root:root xcrysden xcrysden-1.5.60-bin-semishared/ -R
$ chmod 755 /opt/xcrysden xcrysden-1.5.60-bin-semishared -R

- Run as USER of system! Set variables of environment for each user:

$ cd /opt/xcrysden/scripts
$ /bin/sh ./xcConfigure.sh 

- To check right path to Crystal 14 Binary:

You have specified the following definitions:
---------------------------------------------
CRYSTAL's crystal module:      /usr/local/bin/crystal14/crystal
CRYSTAL's properties module:   /usr/local/bin/crystal14/properties

- For run Xcrysden in terminal. Open a new terminal to update Xcrysden Variables Environment.

$ ./xcrysden

 

For Ubuntu 10.04 Desktop 64Bits and Xcrysden 1.5.22

- Update January 1 2010
- Ambiente

Ubuntu 10.4 Desktop 64 BITS - www.ubuntu.com 
Xcrysden 1.5.22 - http://www.xcrysden.org
Esses arquivos são comerciais por isso devem ser comprados.
/usr/local/bin/crystal
/usr/local/bin/properties

- Após instalar o Ubuntu vamos instalar os pacotes necessários para o Xcrysden funcionar:

$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get upgrade
$ sudo apt-get install build-essential gfortran freeglut3-dev tcl8.5-dev tk8.5-dev imagemagick mplayer openbabel

Arquivos binários. Verifique a arquitetura dos arquivos binários . Esses arquivos são comerciais por isso devem ser comprados.

Como exemplo esses arquivos estarão em
/usr/local/bin/crystal
/usr/local/bin/properties

$ file /usr/local/bin/crystal crystal: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for GNU/Linux 2.6.0, not stripped
$ file /usr/local/bin/properties properties: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for GNU/Linux 2.6.0, not stripped

Nesse exemplo vamos usar a versão 1.5.22, caso não esteja disponível, pegue a versão mais nova do SEMISHARED x86_64. Nosso diretório de download será /home/USER/Downloads

http://www.xcrysden.org/Download.html
Linux_x86_64 binary packages: Semishared: xc-1.5.22-linux_x86_64-semishared.tar.gz

$ cd /home/USER/Downloads
$ wget -c http://www.xcrysden.org/download/xc-1.5.22-linux_x86_64-semishared.tar.gz

Vamos descompactar o pacote do xcrysden
$ tar xfv xc-1.5.22-linux_x86_64-semishared.tar.gz

>>> PASSO DE INSTALAÇÃO para cada usuário

$ cd XCrySDen-1.5.22-bin-semishared
$ ./xcConfigure.sh

Perguntas na instalação serão feitas:

Answer the following question(s) please:

----------------------------------------
CRYSTAL is an electronic structure program for periodic systems.
(http://www.crystal.unito.it/)

$ Do you have a CRYSTAL package ([y]es/[n]o): y

Specify CRYSTAL's crystal module

$ /usr/local/bin/crystal

Specify CRYSTAL's properties module

$ /usr/local/bin/properties

You have specified the following definitions:
CRYSTAL's crystal module:

$ /usr/local/bin/crystal

CRYSTAL's properties module:

$ /usr/local/bin/properties Is this correct ([y]es/[n]o): #y

#------------------------------------------------------------------------
# this is for XCRYSDEN 1.5.22; added by XCRYSDEN installation on # Fri Sep 23 10:21:22 BRT 2011
#------------------------------------------------------------------------

XCRYSDEN_TOPDIR=/home/USER/Downloads/XCrysDen_1.5.22/XCrySDen
XCRYSDEN_SCRATCH=/tmp/
export XCRYSDEN_TOPDIR XCRYSDEN_SCRATCH
PATH="#XCRYSDEN_TOPDIR:
PATH:#XCRYSDEN_TOPDIR/scripts:#XCRYSDEN_TOPDIR/util"

FINAL NOTICE: before running xcrysden please load (source) your profile, i.e.: - for bash: source ~/.bashrc - for csh or tcsh: source ~/.cshrc - for sh: . ~/.profile Then type: xcrysden

Aqui já temos o Xcrysden instalado. Para executar o xcrysden, abra um novo terminal, isso faz com que as variáveis de ambiente sejam configuradas.
Essa instalação só serve para a conta do usuário, para instalar para outro usuário, volte ao >>> PASSO DE INSTALAÇÃO para cada usuário.

Para executar o xcrysden:
$ xcrysden&

Erro ao iniciar xcrysden

Running on platform: unix
Error in startup script: wrong # args: should be "set
varName ?newValue?"
    while executing
"set system(c95_crystal)    -p: not found"
    (file "/home/somy/.xcrysden/custom-definitions" line 14)

Solução:
Editar o arquivo ~/.xcrysden/custom-definitions, vai para a linha 14:

parametros corretos:
# ------------------------------------------------------------------------
#  CRYSTAL modules
# ------------------------------------------------------------------------

set system(c95_crystal)    /CAMINHO/PARA/crystal
set system(c95_properties) /CAMINHA/PARA/properties

Salva e sai do editor, tente executar novamente o xcrysden.

Feito!


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